Las ruinas de la fortaleza de Enciso indican la continuación de la cadena defensiva de la ruta que Une el valle del Ebro con la meseta castellana de Soria (Numancia).

La villa estuvo fuertemente amurallada disponiendo de fosos excavados en la roca y constituía otro bastión defensivo de los muladíes Banu Qasi probablemente a partir del siglo VIII, aunque la fortaleza y murallas musulmanas pudieron haber sido reconstrucciones de obras del tiempo de Roma. Los fosos podrían indicar una presencia celtíbera.

Consta que en 1184 Enciso pertenecía a la corona de Castilla y por su situación fronteriza habría sido objeto de disputa con el Reyno de Navarra en tiempos de Sancho VI el Sabio.

Alfonso VIII de Castilla donó la villa y su castillo a Diego Ximénez y doña Giomar, pasando así a pertenecer al señorío de los Cameros. Esta familia lo vendió a la Orden de Calatrava en el año 1246.

En el año 1288 pasó a pertenecer, juntamente con el cercano castillo de Préjano, a Vela Ladrón de Guevara.

En el siglo XVIII quedó bajo el dominio de los duques de Medinaceli.

crucero adosado a la ermita de la Concepción
s.XVI