El “College de Navarre” fue fundado en París el año 1309 gracias a un legado testamentario de la reina de Navarra Juana I - última soberana de la dinastía de la Casa de los condes de Champagne y Brie - fallecida en 1305 y esposa del rey de Francia Philippe IV le Bel (1268-1285-1314). El Colegio, hoy desaparecido, estaba situado en el antiguo emplazamiento de la Escuela Politécnica de París, cerca de la rue des Écoles, en el corazón del barrio latino. Considerado en su época el más prestigioso Colegio de París, rivalizó en prestigio en el siglo XVI con la Sorbona. Destacó por su biblioteca, célebre por la abundancia y riqueza de sus volúmenes, a la que se acudía a consultar desde todos los países de Europa.

En la Edad Media los numerosos Colegios que se establecen en París son simples instituciones caritativas destinadas a albergar estudiantes de orígenes sociales más desfavorecidos, estilo pensiones o internados. La enseñanza se dispensaba exteriormente en el seno de pequeñas escuelas autónomas, sin hacer clara distinción entre las enseñanzas secundaria y superior. Pronto se convirtieron los Colegios en lugares de enseñanza propiamente, haciendo desaparecer las escuelas autónomas e incluso amenazando, por razón del prestigio adquirido por aquellos, las "facultades de artes" en donde se impartía la enseñanza de base (las siete artes liberales, de la gramática a la metafísica) y cuyo dominio era requisito previo para acceder a los estudios superiores propiamente dichos en el seno de las tres facultades superiores de la época (Teología, Derecho y Medicina).

A partir del siglo XV es la Universidad la que ejerce el control directo de los Colegios que se convierten - al modo actual inglés de Oxford y Cambrige - en facultades. A mediados del siglo XVI la Universidad de París comprende más de cincuenta Colegios, entre los que destacan por su prestigio elitista y nivel educativo, la Sorbona y el Colegio de Navarra. Reputado éste por su ortodoxia religiosa en las guerras de religión del siglo XVI en Francia, el Colegio de Navarra acoge a las principales clases dirigentes. Enrique III de Navarra (1553-1572-1610) - más tarde Enrique IV de Francia (1553-1589-1610) - es alumno del Colegio, como lo fue su padre Antoine de Bourbon-Vendôme (1518-1562), o sus primos Henri de Anjou y Henri de Guise, que tan destacado papel habrían de jugar en las citadas guerras de religión.

Armand Jean du Plessis, futuro Cardenal Richelieu, entra a los nueve años de edad en el Collège de Navarre (1594). El famoso naturalista francés Geoffroy Saint-Hilaire (1772-1844) estudió allí “filosofía natural” bajo la enseñanza de M.J. Brisson. El famoso matemático experto en fortificaciones (realizador de la de Milán), Oronce Fine, obtuvo en 1522 un título de medicina por el Collège de Navarre. El influyente calvinista Peter Ramus terminó sus estudios en el Collège de Navarre en 1536. Fue muerto en la matanza de la noche de San Bartolomé en agosto de 1572. El Cardenal Pierre de Ailly que tan activamente trabajó para la resolución del Cisma de Occidente fue rector del Collège de Navarre a finales del siglo XIV. El padre del futuro San Francisco de Sales (nacido en la región de Saboya) escogió el Collège de Navarre para la educación de su hijo en París en 1582 pero éste lo rechazó por considerar que ese Colegio tenía demasiada gente de alcurnia.

En un cierto momento los estudiantes del Collège de Navarre satirizaron a la reina Margarita de Navarra, hermana del rey François I de Francia, en una obra titulada “Una furia del infierno” y éste exigió una apología.

Todavía en esa época la frontera entre la educación primaria, secundaria e incluso la superior no es tajante. Así, en un mismo Colegio se encontraban alumnos de entre 8 y 25 años. Ignacio de Loyola se inscribe en el famoso Colegio de Montaigu a los 37 años. En esa época el Colegio de Navarra ofrece un amplio abanico de tres ciclos que recorren las tres enseñanzas: un ciclo de gramática, uno de artes y otro de teología.

Desde finales del siglo XVI, siguiendo la impulsión de los jesuitas, los Colegios se distancian de la Universidad para convertirse en establecimientos de enseñanza secundaria