Construcción moderna de 1965 con puntiaguda techumbre de losetas de pizarra, dispuesta para las intensas nevadas, ventanales en el ábside y una cruz aledaña con campana en recuerdo de la primitiva que se trasladó a la iglesia de Santiago en Roncesvalles.
Según la tradición, hacia el año 250, el obispo-mártir de Toulouse, San Cernín, en prueba de agradecimiento por haber logrado la conversión de los habitantes de Pamplona, construyó una sencilla capilla en el collado de Ibañeta. Sin embargo, la primera noticia fehaciente de construcciones en la cima del puerto no llegará hasta 1071, en que se tiene constancia de una institución religiosa que José María Lacarra consideraba el "primer núcleo documentalmente conocido de lo que había de ser el gran hospital de Roncesvalles y la mención más antigua que encontramos de un santuario en este paso del Pirineo". Fue el rey Sancho IV el de Peñalén (1039-1035-1076), quien lo promovió como “Muy noble y real monasterio de Sancti Salvatoris de Ybenieta", poniéndolo en manos de Fortunio, obispo de Álava entre 1067 y 1087 y abad de San Salvador de Leyre.
En la cima de Ibañeta, después de 1132, debió de permanecer una pequeña ermita o refugio de caminantes, de la que se vuelve a hablar en el siglo XVI. Un documento acerca de los límites de la diócesis de Bayona señalaba que estos comprendían todo Valcarlos hasta el extremo meridional en el que se alzaba la “ecclesia Sancti Salvatoris Summi Portus”. La iglesia la encontró en ruinas Martín de Córdoba en 1586, reinando en España Felipe II. Aquel personaje se presenta en Navarra como “el muy ilustre licenciado, visitador y reformador Apostólico y Real”. De su paso por Roncesvalles constató en su informe que “hay una ermita en la cumbre de los Pirineos llamada San Salvador de Ibañeta, la cual parece fue el primer edificio y principio del hospital de Roncesvalles, para recoger allí a los peregrinos que pasaban y pasan, y porque dicha ermita estaba derruida, la hubimos mandado reparar y que se pusiese una campana en ella, la cual mandamos que el ermitaño que en la dicha ermita está y estuviese, taña desde que anochezca hasta una hora de la noche cada día para guía de caminantes y peregrinos que en los dichos montes les anocheciese, lo cual haga en todo tiempo del año". Pequeña campana que hoy se encuentra en la espadaña de la Capilla de Santiago de Roncesvalles. El buen estado de la ermita tras su reparación podía verse todavía un siglo más tarde, en 1673, según señaló la crónica de viaje a Santiago del clérigo italiano Domenico Laffi: "antes de abandonar la cima de los altos Pirineos, que con tanto esfuerzo habíamos escalado, reposamos en la capilla. En ella vimos una multitud de figuras y esculturas antiguas y algunas inscripciones borradas por el tiempo".
Las tropas de la Convención echaron abajo la iglesia en 1794 para desagraviar, se dijo, la matanza de la retaguardia carolingia al mando de Roldán. En ruinas la encontró entonces el filólogo alemán Wilhelm von Humboldt (1767-1835) en su segundo viaje por las regiones pirenaicas. Y de nuevo llegó su reconstrucción, a tenor de los comentarios de Pedro de Madrazo (1816-1898): “en un rellano existe un edificio de insignificante arquitectura, robustecido con contrafuertes, cuyo campanario claramente denota su carácter de construcción religiosa del siglo XVI. Es esta la ermita de San Salvador de Ibañeta, pero no es el edificio que fundó Carlomagno del que nada queda.” También por aquellos años pudo admirarla intacta el periodista y escritor catalán Juan Mañé y Flaquer (1823-1901), cuyas formas plasmó en un dibujo a plumilla, único testimonio gráfico de como era la capilla.
Un incendio destruyó la iglesia en 1881, provocado por unos desaprensivos arrieros que en ella pernoctaban. Otros autores como Lacarra refieren que el incendio se produjo en 1884 y que lo provocó “una imprudencia de los soldados que formaban un cordón sanitario”.
la actual ermita moderna en un día de nieve
